Kasvimuseon tieteelliset kokoelmat edustavat kaikkia kasvien ja sienien pääryhmiä. Putkilokasvien kokoelmat koostuvat kotimaisista ja pohjoismaisista näytteistä (ns. Fennoskandinen kokoelma) ja muualta maailmasta peräisin olevista näytteistä (Ekstrafennoskandinen kokoelma). Näissä on

• Putkilokasveja yhteensä n. 300 000 näytettä.
• Sienten kokoelmat käsittävät n. 80 000 näytettä.
• Jäkäläkokoelmissa on n. 30 000 näytettä.
• Lehti- ja maksasammalia on yhteensä n. 74 000 näytettä.

Kokoelmanäytteitä, mukaan lukien tyyppinäytteitä, lainataan tutkimustarkoituksiin. Lainapyynnöt voi esittää henkilökunnalle. Kokoelmia kartutetaan pääasiassa tallentamalla tutkimushankkeiden ja kartoitusten yhteydessä kerättyä näytemateriaalia. Museo vastaanottaa näytelahjoituksia.

 Peruslajintuntemuksen opintokokoelmat sijaitsevat biologian laitoksen kurssisalissa (KS 124). Kokoelmia käytetään demonstraatioihin ja omatoimiseen opiskeluun. Opintokokoelmissa on myös harjoitustenttipinkkoja. Syvennetty lajintuntemus I:n ja II:n opintokokoelmat sijaitsevat kasvitieteellisellä puutarhalla huoneessa KP9.

Syvennetty lajintuntemus II:n suorituksina voi opiskella mm. metsäkasvit, suokasvit, tunturikasvit, jäkälät ja kääväkkäät. Opintokokoelmien varastomateriaali sijaitsee museon kokoelmahuoneessa KM129. Kasvimuseon diakokoelmassa on kuvia putkilokasveista ja sienistä sekä kasvupaikkakuvia. Diakuvia on saatavana digitaalisessa jpeg-muodossa ja niitä lainataan esim. esitelmien avuksi.