Perämeren tutkimusasemalla on käytettävissä kolme moottorikelkkaa, kaksi traileroitavaa perämoottorivenettä trailereineen sekä yhteistyösopimusten kautta myös raskaampaa kalustoa.
Ympäristönäytteenottoa varten käytössämme on nykyaikainen kalusto sedimentti-, vesi- ja pohjaeläinnäytteiden ottamiseksi.
Humanistisen tiedekunnan arkeologien ja Metsähallituksen luontopalveluiden kanssa meillä on yhteinen viistokaikuluotain YellowFin 872, jolla olemme tehneet lähinnä vedenalaisen kulttuuriperinnön kartoitusta.