Biolääketieteen laitoksen tutkijat ovat vahvasti verkostoituneita ja tekevät yhteistyötä kansallisesti ja kansainvälisesti lääketieteen ja biolääketieteen hankkeissa. Tutkimustoiminnan kannalta tärkein sidosorganisaatio on Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiiri. Laajempaa alueellista sidosryhmäyhteistyötä tehdään yhteistyössä Oulun innovaatioallianssin Centre for Health and Technology (CHT) -keskuksen kautta.