22.12.2010 rehtorin tekemän päätöksen mukaan vahvistettiin Kajaanin yliopistokeskukselle hallinto- ja toimintamalli. Yliopistokeskusneuvottelut pidetään vähintään kerran vuodessa ja siihen osallistuvat yhteistyöyliopistojen rehtorit, yliopistokeskuksen johtaja ja Kajaanin ammattikorkeakoulun rehtori. Neuvottelussa käsitellään ohjaavasti yliopistokeskuksen strategia ja toimintasuunnitelma.
Rehtori nimeää yliopiston johtosäännön 32 § mukaan johtokunnan määräajaksi tai toistaiseksi. Johtokuntaan kuuluu 14.1.2011 allekirjoitetun yliopistokeskussopimuksen mukaan enintään kahdeksan jäsentä. Lisäksi yliopistokeskuksen johtaja kuuluu johtokuntaan. Johtokunta koostuu yhteistyöyliopistojen edustajista (1/yliopisto), Kajaanin ammattikorkeakoulun edustajasta sekä loput nimetään Oulun yliopiston edustajista. Johtokunta voi valita itselleen varapuheenjohtajan ja ottaa sihteerin. Yliopiston rehtori voi tarvittaessa täydentää johtokuntaa.
Yliopistokeskuksen johtokunta kehittää ja ohjaa laitoksen toimintaa, tehden sitä koskevia esityksiä ja antaen lausuntoja sekä arvioi laitoksen toiminnan vaikuttavuutta, tuloksellisuutta ja taloudellisuutta.
Johtokunnan kokoonpano 1.1.2013- 31.12.2016
Yliopistokeskuksella on johtoryhmä, joka koostuu alueellisten toimintayksiköiden johtajista sekä yliopistokeskuksen johtajasta ja taloussuunnittelijasta. Johtoryhmä vastaa yliopistokeskuksen toiminnallisesta johtamisesta ja toiminnan seurannasta. Johtoryhmä käsittelee ajankohtaisia laitosta koskevia asioita sekä valmistelee yhdessä johtajan, yksiköiden esimiesten ja esittelijöiden kanssa sekä johtokunnalle että operatiiviselle tasolle menevät asiat.
Johtoryhmän kokoonpano vuonna 2013
Johtaja Vesa Virtanen, KYK ja CEMIS-OULU (Oulun yliopisto), puheenjohtaja
Johtaja Tuula Honkanen, AIKOPA (Oulun yliopisto)
Professori Vesa Linnamo, (Jyväskylän yliopisto)
Taloussuunnittelija Vuokko Tolonen-Junttila, KYK (Oulun yliopisto)