Korkeatasoinen tutkimus edellyttää tutkijaryhmien verkostoitumista tiedekunnan sisällä ja yliopiston eri tutkijaryhmien välillä ja sekä kansallista että kansainvälistä verkostoitumista. Tiedekuntien välisiin monitieteellisiin tutkimushankkeisiin on yliopistossa luotu yhteisiä matriisiorganisaatioita, joissa toimii tutkimusryhmiä yliopiston eri tiedekunnista, mukaan luettuna lääketieteellisen tiedekunnan tutkimusryhmät.

Korkeatasoisen tutkimuksen harjoittaminen edellyttää kansallisia yhteistyöhankkeita ja kansainvälisyyttä. Eri yliopistojen välisten suomalaisten yhteistyöhankkeiden lisäksi luonnollisimmat yhteistyötahot tutkimuksessa ovat EU-maissa, joissa on käynnistetty useita hankkeita, jotka pyrkivät kokoamaan samojen teemojen ympärille eri EU-jäsenmaiden huippututkijoita. Toisaalta ylläpidetään ja vahvistetaan yhteistyötä Aasian ja Amerikan huippututkimuksen kanssa. Kansainvälisen yhteistyön elementtejä ovat myös tutkijoiden ja opiskelijoiden liikkuvuus maasta toiseen ja mahdollisuus suorittaa jatko-opintoja ja tiettyjä perusopintoja englanninkielellä.