Valtaosaa keskuksen tutkimuslaitteista voidaan hyödyntää useilla tieteenaloilla, kuten esimerkiksi metallurgiassa, kemiassa, biologiassa ja lääketieteessä. Keskuksen tutkijat auttavat ja opastavat asiakkaita laitteiden käytössä sekä tutkimukseen liittyvien ongelmien ratkaisemisessa. MNT- keskuksen käytettävissä oleva laitteisto linkittyy kansalliseen FindNano-tietokantaan ja toimijaverkostoon, johon on listattu suomalaisissa tutkimuslaitoksissa ja yliopistoissa käytössä olevia laitteita. Tutkimustoiminnan lisäksi useat Oulun yliopiston laitokset ja osastot hyödyntävät keskuksen tutkimusinfrastruktuuria omassa opetuksessaan.

Mikroskopian ja nanoteknologian keskuksella on monia yhteistyöprojekteja useiden suomalaisten ja ulkomaisten yliopistojen sekä tutkimuslaitosten kanssa. Lisäksi keskus on osallisena useissa kansainvälisissä tutkimusverkostoissa, kuten SCANDEM (elektronimikroskopia), BIOKON (biomimetiikka) ja EFUG (FIB-tekniikka). MNT-keskus osallistuu tiiviisti painettavan elektroniikan tutkimukseen keskittyvän innovaatiokeskus PrintoCent:in toimintaan.