Mikroskopian ja nanoteknologian keskus tekee laajaa yhteisyötä Oulun yliopiston laitosten ja laboratorioiden kanssa. Kymmenet yliopiston yksiköt hyödyntävät keskuksen puhdastiloja ja laitteita tutkimuksissaan.

MNT-keskusksella on yhteistyötä monien suomalaisten ja ulkomaisten yliopistojen, korkeakoulujen ja tutkimuslaitosten kanssa ja se kuuluu myös useisiin eri alojen tutkimusverkostoihin. Yliopistojen ja tutkimuslaitosten lisäksi myös kymmenet eri alojen yritykset hyödyntävät keskuksen laitteita ja palveluja omassa toiminnassaan.