Tutkijakoulussa toimii kolme tohtorikoulutustoimikuntaa, jotka käsittelevät kaikki tutkijakouluun saapuneet opinto-oikeushakemukset. Hakemukset jaetaan tohtorikoulutustoimikunnille väitöskirjan aiheen perusteella. Tohtorikoulutustoimikuntien aihealueet ovat

1. Terveys- ja biotieteet
2. Ihmistieteet
3. Tekniikka ja luonnontieteet

Jokaisen hakemuksen arvioi kaksi tohtorikoulutustoimikunnan jäsentä (joillekin aloille käytetään myös ulkopuolisia asiantuntijoita). Näiden arviointien sekä hakemusasiakirjojen perusteella tohtorikoulutustoimikunta antaa dekaanille suosituksen opiskelijan hyväksymiseksi tutkijakouluun. Tutkijakoulun dekaani hyväksyy opiskelijat tohtorikoulutustoimikunnan suositusten perusteella.

Myös ehdollinen päätös opinto-oikeuden myöntämisestä voidaan tehdä enintään vuoden ajaksi, jolloin hakijalle annetaan mahdollisuus täydentävien opintojen (joita aiemmin kutsuttiin usein siltaopinnoiksi) suorittamiseen. Ehdollinen päätös opinto-oikeus myöntämisestä tehdään aina myös silloin, hakijan ylempi korkeakoulututkinto ei ole ehtinyt valmistua ennen hakuajan umpeutumista. Ehdollinen päätös opinto-oikeuden myöntämisestä tulee myös kyseeseen, jos se on tarpeen esim. ulkomaisen opiskelijan oleskelulupajärjestelyjen takia, tai muusta erityisestä syystä.

Kun dekaani on myöntänyt opiskelijalle opinto-oikeuden, opiskelijan tulee vahvistaa opiskelupaikka kirjallisesti hyväksymiskirjeen mukana tulevien ohjeiden mukaan. Lisäksi tohtoriopiskelijan tulee ilmoittautua yliopiston opiskelijaksi. Tohtoriopiskelijan on ilmoittauduttava vuosittain läsnä- tai poissaolevaksi Oulun yliopiston yleisten ilmoittautumiskäytäntöjen mukaisesti.