Eturauhassyövän geneettisen alttiuden järjestelmät ja mekanismit

Eturauhassyöpä on vahvasti periytyvä sairaus. Genominlaajuinen yhteystutkimus (GWAS) on löytänyt yli sata riippumatonta lokusta, jotka on liitetty eturauhassyöpäriskiin ja taudin aggressiivisuuteen. Näiden yhden emäksen polymorfismien (SNP) biologiset syy-seuraussuhteet sekä niiden molekyyliset mekanismit tunnetaan kuitenkin edelleen huonosti. Ihmisen genomin monimutkaisuudesta johtuen suurin osa SNP-emäksistä sijaitsee genomin ei-koodaavilla alueilla, jotka mahdollisesti osallistuvat myös geenien säätelyyn. Monet SNP-markkerit sijaitsevat usein kaukana lähimmästä proteiinia koodaavasta geenistä, mikä tekee niiden toiminnallisesta tutkimisesta haastavaa.

Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää eturauhassyöpäriskin SNP-markkereiden toiminnallisia mekanismeja tarjoten täten uutta tietoa, jota voidaan hyödyntää kliinisessä diagnostiikassa ja uusien hoitomuotojen kehityksessä.

Kahdessa ensimmäisessä osatyössä tarkastelimme eturauhassyövän SNP-markkereiden rs11672691 (19q13) ja rs339331 (6q22) biologisia mekanismeja. Viimeisessä osatyössä tutkimme systemaattisesti sadan tunnetun eturauhassyövän GWAS-lokuksen mekanismeja yhdistämällä tietoa eturauhassyövän epigenetiikasta ja transkriptiofaktoreiden sitoutumisesta (295 ChIP-seq-näyttettä), sekä eturauhassyöpänäytteiden genotyypistä ja geenien ilmentymisprofiilista (602 potilasnäytettä).

Tunnistimme 73 SNP:ia jotka sijaitsivat kytkentäepätasapainossa (LD) GWAS-emästen kanssa ja joiden osoitettiin vaikuttavan ehkäisevästi 11 transkriptiotekijän sitoutumiseen. Näistä 37:n osoitettiin lisäksi häiritsevän transkriptiotekijä-transkriptiotekijä kompleksin kuten AR-HOXB13:n ja AR-FOXA1:n muodostumista.

Tämä on ensimmäinen kattava tutkimus, jossa selvitettiin tunnettujen eturauhassyöpäriskilokuksen biologisia toimintamekanismeja, joka voi osaltaan auttaa uusien biomarkkereiden, terapeuttisten kohteiden ja kohdennetun lääkehoidon kehittämisessä eturauhassyövän hoitoon.