Rakenteeseen perustuvat bioinformatiikkatyökalut proteiinien vuorovaikutusten luokitteluun ja vertailuun

Proteiinit muodostavat molekyylirakenteen, joka ohjaa jokaista elävää solua. Niiden monimutkainen rakenne edesauttaa kemiallisia reaktioita, jotka ovat tarpeen sekä solujen selviytymisessä että lisääntymisessä. Proteiinien kemiallisen koostumuksen, rakenteen ja toimintatarkoituksen ymmärtäminen on yksi perimmäisistä kysymyksistä molekyylibiologiassa ja biokemiassa.

Uusien löydettyjen proteiinien tutkimus on pitkä ja monimutkainen prosessi, joka paljastaa toisinaan vain osia niiden toiminnoista. Tietoteknisiä työkaluja voidaan käyttää tämän prosessin kiihdyttämiseen simuloimalla proteiinien käytöstä tai vertaamalla eri osa-alueita uusista ja jo tunnetuista proteiineista.

Tämä väitöskirja käyttää hyväkseen tietoteknisiä työkaluja tarjotakseen uuden lähestymistavan proteiinirakenteiden vertailuun keskittymällä pääasiassa niihin proteiinien osiin, jotka toimivat vuorovaikutuksessa muiden molekyylien kanssa. Näiden työkalujen soveltaminen osoittaa, että ne voivat olla hyödyllisiä tutkittaessa vasta löydettyjen proteiinien toimintaa käyttäen hyväkseen pelkästään rakenteellista informaatiota.