Thule-instituutti toimii yhteistyössä alan kotimaisten ja kansainvälisten tutkimuslaitosten, tutkimus- ja koulutusverkostojen sekä elinkeinoelämän kanssa.

Instituutin tutkimusohjelma toteutetaan yhdessä yliopiston eri yksiköiden, muiden yliopistojen ja tutkimuslaitosten kanssa. Thule-instituutti suunnittelee ja edistää alansa perus- ja jatko-opintoja yhteistyössä kumppaneittensa kanssa. Instituutti järjestää myös seminaareja ja konferensseja.

Thule-instituutti osallistuu tutkimuksen kansalliseen ja kansainväliseen strategiatyöhön, jonka tavoitteena on suunnata tutkimusta ja opetusta yhteiskunnan kannalta tärkeille ja ajankohtaisille aihealueille.