Opetuksen, tutkimuksen sekä toiminnan laadun varmistamiseksi ja kehittämiseksi laitoksella on laadittu laatukasikirja, jossa kuvataan matemaattisten tieteiden laitoksen toimintaa, sen tavoitteita ja menettelytapoja, jotka pyrkivät osaltaan takaamaan toiminnan laadun. Tämä dokumentti toimii samalla laitoksen toimintakäsikirjana. Laatukäsikirjan ensimmäisen version laati laitosneuvoston nimittämä laatutyöryhmä, joka myös vastaa sen sisällön pitämisestä ajantasaisena. Tarvittavista päivityksistä huolehtii laatuvastaava. 

Opetuksen kehittämistyöryhmä (OKTR)

Matemaattisten tieteiden laitoksella toimii opetuksen kehittämistyöryhmä (OKTR), joka vastaa opetuksen kehittämisestä sekä laadunvarmistuksesta. Työryhmä koordinoi kaikkea opetuksen suunnitteluun, toteuttamiseen ja kehittämiseen liittyvää toimintaa. OKTR valmistelee opetussuunnitelman ja opinto-oppaan tekstit. Lisäksi työryhmä antaa ehdotuksia kurssimuutoksista ja uusien kurssien perustamisesta. Työryhmä valvoo opetuksen laatua. 

Opetuksen kehittämistyöryhmän puheenjohtajana toimii prof. Maarit Järvenpää.

Tutkimuksen edistämistyöryhmä (TETR)

TETR:n puheenjohtajana toimii prof. Mikael Lindström.